In quel periodo, era il 2000, Papania fu coinvolto in un’inchiesta nella quale vennero arrestate 15 persone. Nel mirino degli inquirenti procedure irregolari per l'avvio ai cantieri di lavoro ''Emergenza Palermo'' di ex Pip legati al sindacato autonomo Failea. Questo scandalo aveva poi portato al patteggiamento di una pena di 2 mesi e 20 giorni. E si si attende ancora il processo d’appello.
Nonostante lo statuto del Pd preveda che ci è stato condannato per reati inerenti la pubblica amministrazione non debba essere candidato, Nino Papania è stato "nominato" dalla Legge Porcellum senatore sia nel 2006 che nel 2008. Ora la sua ambizione è essere eletto Sindaco di Alcamo, obiettivo che potrebbe essere compromesso non tanto da questo nuovo scandalo politico - giudiziario, ma dal fatto che la Consulta ha previsto l'incompatibilità tra la carica di Sindaco e quello di parlamentare, e Papania, secondo indiscrezioni, non vuole proprio rinunciare al ruolo di senatore.