La struttura è di proprietà del Comune ed è stata gestita dal Consorzio Universitario di Trapani dal Luglio 2008. Ora però, il Consorzio non è più in grado di affrontare la spesa di manutenzione dell'edificio, per circa 50.000 euro l'anno. Da qui l'idea, dello stesso Consorzio, di una darlo a sua volta in comodato. L'accordo è stato sottoscritto dal presidente del Consorzio, senatore Antonio D'Alì, e dal presidente della Kandinskij, Auro Pugliesi. L'Accademia prende in carico il complesso Principe di Napoli e gli oneri che ne derivano, compresa la messa in sicurezza e l'adeguamento dell'intero impianto elettrico.
E Archeologia del mare che fine fa? Ci sono 86 studenti che non sono ancora arrivati alla laurea. Potranno continuare a seguire gli studi presso i locali del polo didattico, al lungomare Dantie Alighieri.