L'indagine, curata dal referendario Giuseppa Cernigliaro, si e' svolta nei confronti dell'ex assessorato Agricoltura e foreste (ora alle Risorse agricole e alimentari) e ha riguardato soprattutto il funzionamento dei controlli interni attivati dall'Amministrazione regionale. Secondo i dati dell'Ufficio antifrode della Commissione europea, la Sicilia e' fortemente interessata dal fenomeno delle irregolarità '.
Per quanto riguarda il Feoga, gli importi non regolari riferiti alla programmazione 2000-2006 ammontano complessivamente ad oltre 95 milioni di euro, di cui 45 milioni relativi ai fondi sinora gestiti dall'Agea (sezione Garanzia del Feoga) e 50 milioni relativi ai finanziamenti gestiti dalla Regione siciliana (sezione Orientamento del Feoga). La relazione della Corte evidenzia "la necessita' di potenziare le iniziative di contrasto alle irregolarità ' non limitandosi ai controlli documentali, ma intensificando i controlli con accesso diretto presso le aziende beneficiarie. Significativa a riguardo appare la circostanza che le irregolarità ' di importo più' consistente vengano individuate soprattutto dalla Magistratura e dalla Guardia di Finanza".