Riina è indicato come mandante della strage, per la quale è stato già condannato con sentenza definitiva, tra gli altri, il boss mafioso Pippo Calò.
La strage, secondo quanto emerge dagli sviluppi dell'inchiesta, sarebbe stata la prima risposta ai mandati di cattura relativi al maxi processo a Cosa nostra emessi nel settembre 1984 dai giudici Falcone e Borsellino. L'obiettivo dell'attentato, ritengono i magistrati, fu quello di distogliere l'impegno dello Stato dalla lotta alla mafia verso la diversa finalità del terrorismo eversivo. L'episodio si sarebbe inserito nella cosiddetta strategia stragista perseguita dall'ala corleonese della mafia allo scopo di condizionare gli esiti del maxi processo a Cosa nostra del quale l'attentato fu di fatto una risposta.
L'ordinanza di custodia cautelare a carico di Totò Riina è stata notificata stamattina al boss dai carabinieri del Ros. E' stata firmata dal gip di Napoli, Carlo Modestino su richiesta del pm della Dda, Paolo Itri e Sergio Amato, e del procuratore aggiunto Sandro Pennasilico.
A quanto si è appreso dalla nuova inchiesta condotta dalla Dda partenopea, sarebbe emerso, tra l'altro, che per la strage del Rapido 904 - proveniente da Napoli e diretto a Milano - sarebbe stato utilizzato lo stesso tipo di esplosivo adoperato per la strage di via D'Amelio, in cui persero la vita il giudice Paolo Borsellino e cinque agenti della scorta.
Dalle dichiarazioni di vari collaboratori di giustizia è emerso che almeno una parte dell'esplosivo utilizzato sul treno sarebbe stato trasportato presso la stazione centrale di Napoli e introdotto a bordo da camorristi attivi nelle zone della Sanità e di Forcella.