Il capomafia è indicato come mandante. Per l'attentato è stato già condannato con sentenza definitiva, tra gli altri, il boss mafioso Pippo Calò. Dalle indagini sarebbe emerso che sarebbe stato utilizzato lo stesso tipo di esplosivo adoperato per la strage di via D'Amelio.
La strage del rapido 904 sarebbe stata la prima risposta ai mandati di cattura relativi al maxi processo a Cosa Nostra emessi nel settembre 1984 dai giudici Falcone e Borsellino.
Dalle dichiarazioni fatte da vari pentiti è emerso che una parte dell'esplosivo, dello stesso tipo poi utilizzato per l’attentato di Via D’Amelio, utilizzato per la strage sarebbe stato trasportato presso la stazione centrale di Napoli ad opera di camorristi attivi nelle zone della Sanità e di Forcella.