Le accuse a carico di Messina vennero formalizzate quando fu arrestato, dopo 10 anni di latitanza, il 23 ottobre del 2010, nel covo di via Stati Uniti a Favara, visto che fu trovato in possesso di due pistole e un centinaio di munizioni. Il pm della Dda, Rita Fulantelli aveva chiesto la condanna a 15 anni. Il suo difensore, l'avvocato Salvatore Pennica, aveva chiesto, invece, l'assoluzione spiegando che «non c'era prova che le armi appartenessero a Messina perchè la casa dove fu arrestato era frequentata anche da altre persone e, in ogni caso, il possesso delle pistole non dimostrava il favoreggiamento all'associazione mafiosa».