I giudici dunque non hanno creduto al verdetto del primo grado, quando Pizzo era stato condannato, e alle prove dell'accusa, che portava tra l'altro, oltre alle testimonianze del pentito Mariano Concetto, anche un'intercettazione ambientale tra due mafiosi, che in macchina discutevano proprio di quella compravendita di voti. E infatti il Procuratore Generale aveva chiesto in appello la conferma della condanna.
Era il 22 luglio 2005 quando davanti al Tribunale di Marsala ha avuto inizio il processo. La sentenza di primo grado è arrivata il 28 aprile 2007 e ha condannato Pizzo a quattro anni di reclusione. Nello stesso processo erano imputate altre dieci persone accusate a vario titolo di associazione mafiosa, estorsione, incendio, intestazione fittizia dei beni e traffico di droga. Per loro il Tribunale aveva pronunciato tre condanne e cinque assoluzioni.
L'ex senatore del Psi fu arrestato il 29 aprile 2004 con l' accusa di associazione mafiosa e voto di scambio nell'operazione "Peronospera II" per aver pagato 50.000 euro ad esponenti delle cosche marsalesi per far eleggere il figlio Francesco alle regionali del 2001 nella lista del nuovo Psi. Elezione che poi non avvenne per un pugno di voti. In seguito alla mancata elezione del figlio, Pietro Pizzo si sarebbe rifiutato di pagare, ma dopo aver ricevuto una proposta che non poteva rifiutare, ci avrebbe ripensato (si legge in un'intercettazione:
"Quello era incazzato morto, suo figlio non era stato eletto e soldi non ne voleva uscire neanche ammazzato. Ma io gli ho detto "Cucì, (cugino ndr) tu ti sei preso l'impegno e a questo giovane che ti aveva procurato 40 voti i soldi glieli devi dare"").
Contro Pizzo vi erano le dichiarazioni del collaboratore di giustizia Mario Concetto, che avrebbe ricevuto personalmente indicazioni sulle operazioni di voto della famiglia mafiosa dal boss latitante Natale Bonafede, il quale gli rivelò che Pizzo aveva pagato 50.000 euro per far votare il figlio. Pizzo all' epoca dei fatti era presidente del Consiglio Comunale di Marsala e fu costretto a dare le dimissioni.
Fin dall'inizio della vicenda Pizzo si era detto "del tutto estraneo alle vicende elettorali contestatemi, ma, come sempre, sono assolutamente fiducioso nell'operato della magistratura".