L'aeroporto, ufficialmente, sorge in territorio trapanese, poichè il corpo del fabbricato è nel territorio del Comune di Trapani, tant'è che i vigili urbani, i vigili del fuoco e tutto il resto dell'apparato amministrativo fa riferimento a Trapani. Le piste però sorgono su territorio marsalese, cartina alla mano, ed inoltre è più vicino al centro di Trapani che a quello di Marsala. Secondo alcuni è una questione di lana caprina, secondo altri è invece importanti perchè in questo modo si pubblicizzerebbe la destinazione Marsala, penalizzata dal fatto di non essere indicata nel nome. Già qualche anno fa l'ex senatore Pietro Pizzo si era fatto promotore di una raccolta di oltre 4000 firme per cambiare il nome all'aeroporto. Sulla vicenda è intervenuto di recente anche il Sindaco di Trapani, Vito Damiano.Damiano ha detto il suo «no» al cambio di denominazione dell'aeroporto «Vincenzo Florio». La richiesta era arrivata dalla Provincia. Per il primo cittadino «una eventuale modifica potrebbe ingenerare dubbi e perplessità nell'utenza. L'aeroporto è conosciuto, non solo in ambito nazionale ma anche internazionale con la denominazione Trapani-Birgi, che lo identifica come unico aeroporto del territorio». L'Enac ha già comunicato il dissenso del sindaco alla Provincia ed alla direzione centrale coordinamento aeroporti. Era stata infatti la Provincia, con un apposito atto di indirizzo a farsi promotrice della richiesta di cambio del nome. La responsabilità è dell'Enac, che però ha incassato il no del Sindaco di Trapani.
La decisione del Sindaco - che sembra comunque non influente ai fini della decisione dell'Enac - ha scatenato numerose reazioni, molte delle quali dal sapore campanilistico. Ci sono marsalesi che si sentono frodati dal fatto di non avere il nome della loro città nell'aeroporto, e ci sono trapanesi che riterrebbero un sopruso l'aggiunta di Marsala nella destinazione. Una posizione di buon senso è quella di Fabio Di Bono, portavoce del Movimento Turismo e Territorio: "Io sarei d'accordo alla nuova denominazione ed anzi l'aggiunta di Marsala (invece dell'anonimo Birgi) potrebbe aumentare l'attrattività del territorio ma soprattutto unirebbe in maniera più integrata le due città che si stringerebbero attorno allo svliuppo dello stesso aeroporto e del territorio circostante". Persiste, per il sostenere il cambio del nome (proponendo addirittura un "Marsala - Birgi"...) un gruppo su Facebook con 300 iscritti e questa motivazione: "Migliaia di turisti che atterrano all'aereoporto di Marsala si preoccupano di visitare principalmente Trapani per il problema del nome dell'aereoporto. Ennesimo furto da parte del comune capoluogo nei confronti della nostra città".
L'ordine del giorno alla Provincia, per il cambio del nome dell'aeroporto, fu approvato nel Marzo del 2012. "E' il giusto riconoscimento - dichiararono i consiglieri Alagna e Passalacqua, promotori dell'atto - per la collocazione territoriale dell'aereoporto Vincenzo Florio, il quale, come è noto, è ubicato esattamente a metà strada tra le due città e la cui struttura ricade in parte sul territorio marsalese e in parte in quello trapanese. Riteniamo che tale provvedimento possa rappresentare un fatto importante per il rilancio turistico della città di Marsala, la quale potrebbe godere, da qesto cambio di denominazione, una maggiore visibilità e riconoscibilità in ambito turistico ed economico".