Ne fanno parte il presidente Luigi Pelaggi, nominato dal Ministero dell'Ambiente, il vicepresidente Mimmo D'Antoni, designato dalla Regione, il rappresentante dell'Istituto Superiore per la Protezione e Ricerca Ambientale Franco Andaloro, il comandante Ignazio Calogero Puleo, delegato delle Capitanerie di Porto, Michele Ponzio, designato dal Comune e l'esperto del Ministero dell'Ambiente Salvatore Braschi. Si tratta di una commissione consultiva che rilascia esclusivamente pareri sugli atti principali adottati dall'ente gestore, come le proposte di regolamento o la richiesta di riperimetrazione dell'area marina protetta. I compiti decisionali, gestionali e di concertazione con il territorio e i cittadini restano di competenza del Comune, di cui la commissione non deve essere un duplicato, ma un fattore di stimolo e collaborazione.